El Club San Pedro Atletismo empezó a funcionar en agosto del 1995, con la denominación de UD San Pedro, siendo una sección, junto con el equipo de fútbol de la misma entidad. Ya en años anteriores habíamos trabajado con otros clubes de la ciudad: Club Atletas del Sol desde 1980 hasta 1991, fecha donde una posterior fusión con el Club de Atletismo Ciudad de Marbella, para resultar en lo que fue el Club Atletismo Marbella. Estuvimos ligados a la disciplina de este club hasta verano del 1995, fecha en la que el club comenzó a formar parte de la entidad, UD San Pedro, con la citada anteriormente, sección de atletismo. Durante el año 2000 se decidió desvincularse de esta para formar un club con entidad propia, dando lugar a lo que hoy es el Club San Pedro Atletismo. Nuestro club, desde sus orígenes en la UD San Pedro, comenzó desde abajo, con el único fin de promover el atletismo en la ciudad, optando por la organización de pruebas, publicidad en colegios, medios de comunicación, etc. Se apostó por la participación en algunas pruebas de carácter nacional, y algunos atletas, muy pronto, consiguen la participación en distintos campeonatos autonómicos y nacionales. En 2014, y de forma seguir creciendo como entidad se crea la sección de montaña, con posibilidad de federar bajo el nombre de nuestro Club a nuestros socios y socias practicantes de deportes de montaña, en mayor caso carrera y bicicleta de montaña.
