Persebaya didirikan oleh Paijo dan M. Pada awal berdirinya, Persebaya bernama Soerabhaiasche Indonesische Voetbal Bond (SIVB). Pada saat itu di Surabaya juga ada klub bernama Sorabaiasche Voebal Bond (SVB), bonden (klub) ini berdiri pada tahun 1910 dan pemainnya adalah orang-orang Belanda yang ada di Surabaya. Pada tanggal 19 April 1930, SIVB bersama dengan VIJ Jakarta, BIVB Bandung (sekarang Persib Bandung), MIVB (sekarang PPSM Magelang), MVB (PSM Madiun), VVB (Persis Solo), PSM (PSIM Yogyakarta) turut membidani kelahiran Persatuan Sepak bola Seluruh Indonesia (PSSI) dalam pertemuan yang diadakan di Societeit Hadiprojo Yogyakarta. SIVB dalam pertemuan tersebut diwakili oleh M. Pamoedji. Setahun kemudian kompetisi tahunan antar kota/perserikatan diselenggarakan. SIVB berhasil masuk final kompetisi perserikatan pada tahun 1938 meski kalah dari VIJ Jakarta. Ketika Belanda kalah dari Jepang pada 1942, prestasi SIVB yang hampir semua pemainnya adalah pemain pribumi dan sebagian kecil keturunan Tionghoa melejit dan kembali mencapai final sebelum dikalahkan oleh Persis Solo. Akhirnya pada tahun 1943 SIVB berganti nama menjadi Persibaja (Persatuan Sepak Bola Indonesia Soerabaja). Pada era ini Persibaja diketuai oleh Dr. Soewandi. Kala itu, Persibaja berhasil meraih gelar juara pada tahun 1950, 1951 dan 1952. Tahun 1960, nama Persibaja diubah menjadi Persebaya (Persatuan Sepak Bola Surabaya). Pada era perserikatan ini, prestasi Persebaya juga istimewa. Persebaya adalah salah satu raksasa perserikatan selain PSMS Medan, PSM Makassar, Persib Bandung maupun Persija Jakarta. Dua kali Persebaya menjadi kampiun pada tahun 1978 dan 1988, dan tujuh kali menduduki peringkat kedua pada tahun 1965, 1967, 1971, 1973, 1977, 1987, dan 1990. Prestasi gemilang terus terjaga ketika PSSI menyatukan klub Perserikatan dan Galatama dalam kompetisi bertajuk Liga Indonesia sejak 1994. Persebaya merebut gelar juara Liga Indonesia pada tahun 1997. Bahkan Persebaya berhasil mencetak sejarah sebagai tim pertama yang dua kali menjadi juara Liga Indonesia ketika pada tahun 2005 Green Force kembali merebut gelar juara. Kendati berpredikat sebagai tim klasik sarat gelar juara, Green Force juga sempat merasakan pahitnya terdegradasi pada tahun 2002 lalu. Pil pahit yang langsung ditebus dengan gelar gelar juara Divisi I dan Divisi Utama pada dua musim selanjutnya. Pemain-pemain terkenal
Persebaya juga dikenal sebagai klub yang sering menjadi penyumbang pemain ke tim nasional Indonesia baik yunior maupun senior. Sederet nama seperti Abdul Kadir, Rusdy Bahalwan, Rudy Keltjes, Didiek Nurhadi, Soebodro, Riono Asnan, Yusuf Ekodono, Syamsul Arifin, Subangkit, Mustaqim, Eri Irianto, Bejo Sugiantoro, Anang Ma'ruf, Hendro Kartiko, Uston Nawawi, Chairil Anwar, dan Mursyid Effendi merupakan sebagian pemain timnas hasil binaan Persebaya. Salah satu yang cukup dikenang adalah Eri Irianto, pemain timnas era 1990-an yang meninggal dunia pada tanggal 3 April 2000 setelah tiba tiba menderita sakit saat Persebaya menghadapi PSIM Yogyakarta dalam pertandingan Divisi Utama Liga Indonesia 1999/2000. Eri Irianto meninggal di rumah sakit pada malam harinya. Nama Eri kemudian dipakai sebagai nama Wisma/Mess Persebaya yang diresmikan pada tanggal 25 April 1993. Persebaya pernah mendapat pemain yang sangat berkualitas di ajang Liga Djarum 2005, pemain itu bernama Zeng Cheng ia berposisi sebagai Kiper. Zeng Cheng berasal dari China dan bagusnya ia membela Timnas U-20 China sebagai Kiper Cadangan. Dan sekarang, Zeng Cheng masuk daftar Kiper ketiga di Timnas Senior China. Kejadian kontroversial
Selain itu, dalam perjalanannya, Persebaya beberapa kali mengalami kejadian kontroversial. Saat menjuarai Kompetisi Perserikatan pada tahun 1988, Persebaya pernah memainkan pertandingan yang terkenal dengan istilah "sepak bola gajah" karena mengalah kepada Persipura Jayapura 0-12, untuk menyingkirkan saingan mereka PSIS Semarang yang pada tahun sebelumnya memupuskan impian Persebaya di final kompetisi perserikatan. Taktik ini setidaknya membawa hasil dan Persebaya berhasil menjadi juara perserikatan tahun 1988 dengan menyingkirkan PSMS 3 - 1
Pada Liga Indonesia 2002, Persebaya melakukan aksi mogok tanding saat menghadapi PKT Bontang dan diskors pengurangan nilai. Kejadian tersebut menjadi salah satu penyebab terdegradasinya Persebaya ke divisi I. Tiga tahun kemudian atau tahun 2005, Persebaya menggemparkan publik sepak bola nasional saat mengundurkan diri pada babak delapan besar sehingga memupuskan harapan PSIS dan PSM untuk lolos ke final. Atas kejadian tersebut Persebaya diskors 16 bulan tidak boleh mengikuti kompetisi Liga Indonesia. Namun, skorsing diubah direvisi menjadi hukuman degradasi ke Divisi I Liga Indonesia. Perpecahan dan mundur dari Liga Indonesia
Pada akhir tahun 2010, Persebaya terpecah menjadi dua tim. Satu tim dengan manajer Wisnu Wardhana tetap ikut Divisi Utama Liga Indonesia. Sementara tim lainnya, Persebaya di bawah Saleh Ismail Mukadar mengikuti Liga Primer Indonesia. Persebaya yang berkompetisi di Liga Primer Indonesia akhirnya berganti nama menjadi Persebaya 1927.
